赤山禅院位于吉祥平安谷西侧，仿唐式建筑，主要由圆仁入唐求法馆和赤山阁两大部分组成，占地1. 6万平方米，建筑面积3000多平方米。其中圆仁入唐求法馆共设五个展厅，分别是“心慕佛乘、苦海船筏、慈觉大师、求法巡礼、功成圆满”，主要展示了隋唐佛教发展史、圆仁法师入唐求法以及回国后在日本建立赤山禅院的过程。禅院依山而建，肃穆庄严，亭榭楼台，气势宏伟，非常壮观。圆仁，鉴真大师的三世徒孙。在中国的近十年间，他的足迹遍布了江苏、山东、河北、山西、陕西、河南、安徽等七个省。一路上，他受灌顶，学梵文、汉文及法华显教，真言密教，写经卷及画曼荼罗功德帧，孜孜不倦，竭力受学。同时他也广泛接触了当时中国的上下官吏、僧侣、百姓，亲眼目睹了发生在那个时代的故事，这十年的经历在其后来归国写成的《入唐求法巡礼行记》一书里都有充分体现。
圆仁入唐求法馆第一展厅 心慕佛乘
佛教传入中国后迅速形成规模，到唐朝达到鼎盛时期，各国纷纷派使者入唐学习，圆仁就是这个时期比较有代表性的一个人物。展厅中的一幅画像就是圆仁法师，是由烟台籍著名画家刘泽文所画，我们可以从不同的角度去看一下圆仁法师的这幅画像，可以发现无论从哪个方向看，圆仁的眼睛都是注视着我们的。圆仁出生于公元794年，9岁出家，15岁到比叡山拜最澄法师为师，最澄圆寂之后，留下许多不懂的佛教教义，于是圆仁决定入唐求法。从公元七世纪初至九世纪末约264年的时间里，日本为了学习中国文化，先后向唐朝派出十九次遣唐使团。圆仁于公元836年、837年、838年三次乘坐日本遣唐使的船只入唐求法，前两次均失败，第三次跟随藤原常嗣率领的第十八次遣唐使终于成功到达扬州。
第二展厅 苦海船筏
展厅中的一幅地图描绘了圆仁入唐求法的路线，公元838年，圆仁法师到达扬州，因为没有通关文牒无法留唐，唐朝政府要求他回归本国，于是圆仁法师乘坐船只准备回国，当船行驶到赤山浦时，船只受损，在赤山浦修船，圆仁法师来到赤山法华院，在法华院居住了8个月的时间，在张保皋大使的帮助下，取得了通关文牒，踏上了去五台山、长安求法的旅程。圆仁在长安求法长达4年多的时间，亲眼目睹了会昌法难，要求外国僧人也必须回归本国，并且要“从何而来，从何而归”，于是圆仁又来到赤山浦，这是他第二次来到法华院，此时，法华院已经被拆毁了，他被安排住在法华院寺庄里，他听说明州（现在的浙江宁波），有一艘船只要去日本，于是他准备去明州坐船，当他到达楚州（现在的江苏淮安）的时候，听当地的官员说船只已经开走了，又听说新罗人金珍的船只在崂山相待，于是在当地官员的安排下，乘船去追金珍的船，当他走到乳山时，终于赶上了船只，乘坐船只来到赤山浦，这是他第三次来到赤山浦，于公元847年，圆仁法师终于回到了日本。
第三展厅——慈觉大师：
圆仁入唐求法馆是由中日友好协会会长宋健题写。我们看到的鎏金坐像就是圆仁法师，圆仁法师回国后著述了一本《入唐求法巡礼行记》，是以日记的形式记载他在中国的所见所闻，后方的墙壁上的紫铜壁画就是这本书中有关于赤山法华院的描述。《入唐求法巡礼行记》是圆仁用汉文(文言文)写的一部日记体著作，记录了他入唐求法期间的所见、所闻、所感，从公元838年7月开始写起，一直写到公元848年1月，总共597篇，八万多字，分为四卷，是研究唐代中国政治、经济、文化、宗教、民俗、语言、对外关系的珍贵史料，被誉为“东洋学界至宝”。美国历史学家、外交家赖肖尔于1955年将《入唐求法巡礼行记》翻译成英文版并发行。
我们看到的这一组蜡像人物栩栩如生，是由中国第一蜡像人尔宝瑞先生所做。是圆仁在法华院拜见当时的法华院主持法清大师的场景。
由于圆仁私自留住法华院不合政府规定，这组蜡像正是圆仁法师连夜向唐政府书写公文的场景。
在法华院居住的8个月的时间内，圆仁法师参加了讲经、诵经等重要的佛事活动。法华院的圣林和尚告诉圆仁五台山有位高僧志远和尚，可以向他请求解疑，而且到五台山路途比较近。于是，圆仁于公元840年离开了法华院，踏上了前往五台山及长安求法巡礼的旅程。
第四展厅——求法巡礼：
展厅中一幅工笔画讲述的是圆仁法师前往五台山的途中，经过龙兴寺和醴泉寺时，曾在那里过夜。
大家可以看到两幅画和蜡像展示的是圆仁一行一路向西，跋山涉水、风餐露宿非常艰辛，而且因为连年灾祸，粮食歉收，他们只能以橡子面充饥，没有住宿的地方甚至留宿破庙，经过四十多天的长途跋涉，行程两千三百余里，终于到达五台山。在五台山圆仁拜见了志远和尚，当志远和尚告知圆仁“天台山已决此疑，不宜再做解答”时，圆仁感到非常迷茫，大家看到这幅图展示的就是圆仁法师于夜空下祈求文殊菩萨指点迷津。朦胧中文殊菩萨现身，嘱其到长安继续巡礼求法。在长安期间，有一天圆仁做梦梦到赤山明神，明神赐他一杆秤，“此是秤定三千大千世界之秤也”，圆仁回想起他在法华院期间受到法华院众僧的帮助，深感欣慰。圆仁到达长安城书文官府，官府批准其寄住城中寺舍，研究佛法。圆仁就拜访各个寺院。在长安停留的时间里，圆仁携带的未解教义得以解答，而且对佛教也有了更深刻的认识。在此期间圆仁还参加了为庆祝会昌登基而举行的法会。
最后这幅图片是圆仁在长安的清龙寺接受灌顶抛花的情景。圆仁在长安呆了四年多的时间，这期间他的弟子惟晓在长安病逝。唐武宗即位后也带来了佛教空前的劫难——会昌法难，朝廷下令拆毁所有佛教寺院、烧毁佛经、勒令僧侣还俗、同时要求遣回外国僧人，圆仁也因此被迫要离唐归国。
第五展厅——功成圆满：
圆仁三到赤山，在此剃头，再披淄服，于公元847年，从赤山浦东渡归国。当船途经镆铘岛附近时，忽遇风浪，危难之时，圆仁叩拜赤山明神，请求救助，明神现身施法，顿时海面风平浪静，圆仁一行平安归国，大家看到其中一幅图展示的就是赤山明神显身施法的情景。圆仁法师于公元864年圆寂，享年70岁，清和天皇赐予“慈觉大师”的谥号，大家看到这组蜡像展示的是圆仁法师在圆寂之前叮嘱弟子们在日本修建赤山禅院供奉赤山明神的情景，圆仁能够顺利归国，得益于赤山明神的多次相助，但他曾许诺要在日本建院供奉明神的愿望一直没有实现。在圆寂前，留下遗愿，嘱咐弟子建赤山禅院，供奉明神。他的高足安惠于公元888年开始筹建赤山禅院，很快形成规模，成为京都七大古寺之一。赤山明神既是日本佛教天台宗的保护神，也被日本人民视为保障生命财产的保护神。
赤山阁高34米，共分三层，主要展示了博大精深的佛教文化。一层塑有释迦牟尼佛像，二层塑有鉴真像，三层塑有观音菩萨像。此外赤山阁还有多幅壁画，壁画分为三部分：一楼为《释迦牟尼八相成通》；二楼为《中国高僧传》；三楼为《中国四大菩萨》。
登上赤山阁三楼，可眺碧海蓝天、翠峦奇谷，可聆听鸟韵交啼，可闻赏百卉异香。此时此刻，赤山的美景将尽收您的眼底！站在这里，您一定会有“会当凌绝顶，一览众山小”的豪壮之感。